Sami počeci muzičke škole vežu se uz KUD Abrašević, gdje egzistira kao muzička sekcija već u januaru 1947. godine. U jesen te iste godine proširena je njena djelatnost, te prerasta u Muzičku školu Abrašević. Nakon 2 godine rada, škola je 27. januara 1949. godine dobila rješenje Ministarsta prosvjete kojim se Muzička škola Abrašević proglašava Gradskom nižom muzičkom školom.
Osim časova solfeđa, klavira, violine i violončela u sljedećih 5 godina u školu se uvodi solo pjevanje, kontrabas i klarinet, te flauta i oboa. Formiran je i Đački orkestar koji već 1952. godine javno nastupa pred mostarskom publikom. Do početka nove školske 1953. – 1954. godine pored odjela klavira, kompletirani su Puhački i Gudački odjel. Razvijanjem škole, njene aktivnosti su se širile, pa je tako osnovan Aktiv nastavnika muzičkog odgoja u Mostaru 1960. godine, u koji su bili uključeni nastavnici osnovnih škola, Učiteljske škole i Muzičke škole.
Neponovljiv elan i entuzijazam koji su obilježili prve godine rada za naredni su period bili presudni jer je Uprava grada pred školu ubrzo postavila novi izazov. Bilo je to stvaranje uslova za osnivanje Gradskog orkestra u čemu je postojala i podrška Narodnog pozorišta i pojedinaca odgovornih za kulturnu politiku grada.
Dolaskom Alfreda Tučeka tadašnjeg člana orkestra Sarajevske filharmonije škola dobija novog dirigenta Đačkog orkestra s kojim nastupa već krajem 1953. da bi 8. 5. 1954. godine bilo javno proglašeno osnivanje Mostarskog Gradskog orkestra. 1955. godine škola se seli na novu adresu, Trg Republike gdje će obavljat svoje djelatnosti sve do 1992. godine.
U novoj zgradi škole s radom je započela i radionica za popravak gudačkih instrumenata, a 1956 godine otvoren je i novi Odjel za balet sa Eduardom Venijerom na čelu.
Godine 1963. srednja škola je kompletirala svoje odjele otvaranjem Teoretsko – nastavničkog odjela. Školske godine 1965. – 1966. izvršeno je spajanje Niže (osnovne) i Srednje muzičke škole u jedinstvenu ustanovu pod nazivom Muzička škola I & II stepena u Mostaru.
U narednom periodu škola širi mrežu područnih odjeljena u većim mjestima Hercegovine (Stolac, Čapljina, Široki Brijeg, Konjic), zatim otvaraju se muzički vrtići, tada rijetkost na našim prostorima.
Jedna od izuzetno značajnih aktivnosti, iako nažalost neuspješnih, bilo je i pokretanje inicijative da se u Mostaru, centru Hercegovačke regije, otvori viša ili visoka muzička škola ili akademija.
Taj poticaj, pokrenut ranih 70-ih godina, nažalost nije realizovan sve do kraja 1990, kada se pri Prirodoslovnom – matematičkom fakultetu Mostarskog sveučilišta i Nastavničkom fakutletu Univerziteta Džemal Bijedić otvaraju odjeli muzičke kulture.
Dobra i osmišljena obrazovna politika započeta pedesetih godina, i ostvarena kroz saradnju sa Simfonijskim orkestrom u osamdesetim, rezultirala je činjenicom da se Mostarska škola na saveznim takmičenjima redovno predstavljala sa dva školska orkestra, te po pravilu osvaja prva mjesta.
U informaciji iz 1984. godine, sačinjenoj prigodom obilježavanja 35. godišnjice rada škole i u cilju potpunijeg sagledavanja rezultata koji su afirmirali školu i svrstali je u red renomiranih obrazovnih ustanova Mostara, ostao je zabilježen i sljedeći podatak: doprinos učenika Muzičke škole društveno – kulturnom životu grada, prikazan statistički, do 1984. godine potvrđen je sa 914 nastupa i 5212 tačaka programa.
U maju 1992. godine, zbog ratom nastalih okolnosti djelatnici i učenici škole, pod prijetnjom fizičkog opstanka, napuštaju zgradu. Njen je inventar, sa svim instrumentima, u neshvatljivom naletu bezumlja tokom 1992. i 1993. godine bespovratno uništen.
Školsku godinu 1991/92. završila su ukupno 32 učenika, i to 23 u Osnovnoj i 9 u Srednjom školi. 1994. godine Muzička škola I & II stepena obnovila je svoj rad nakon dvije godine mirovanja, sa sjedištem na adresi Maršala Tita, 179. Mostar.
1996 godine započela je s radom i Srednja muzička škola. Prvih godina u školi se održavalanastava klavira, harmonike, gitare i flaute. A uskoro su počeli s radom i odjel solo pjevanja, te teoretski i gudački odjel.
Prvi koncert učenika održan je u IV osnovnoj školi 11. 4. 1996. godine, a već iduće godine veliki zamah i svjetsku promociju Muzička škola je doživjela otvaranjem Pavarotti centra 21. 12. 1997. godine doniranog djeci Mostara. Tada se Muzička škola uselila u prostor opremljen po standardima najviših pedagoških i umjetničkih kriterija.
Pavarotti centar je organizacijom koncerata, radionica i stručnih predavanja bitno pridonio afirmaciji Muzičke škole u svijetu, ali i ozbiljne muzike u Mostaru.
Danas škola ima ukupno 33 uposlena nastavnika, od toga 7 stalnih, 2 magistra, 20 profesora i 2 nastavnika. Pohađa je 305 učenika na sljedećim odjelima: klavirskom, duvačkom (flauta, klarinet), gudačkom (violina, vilončelo), gitarskom, harmonikaškom, odjelu solo pjevanja te teorijskom odjelu.
Škola ima Područne odjele u Bijelom Polju i Blagaju. Od 1998. godine Muzička škola redovno sudjeluje na svim Državnim takmičenjima s kojih se njeni učenici vraćaju sa osvojenim nagradama u svim kategorijama.